Antes, el 2 de junio de 2003, Estados Unidos solicitó a México la detención formal con fines de extradición de Francisco Rafael Arellano Félix, por contar con órdenes de aprehensión giradas por la Corte Federal para el Distrito Sur de California.
Extraditado a EU en el año 2006
El 16 de septiembre de 2006, el gobierno mexicano, a través de la PGR, entregó en extradición a Estados Unidos a esta persona para ser procesada en delitos contra la salud.
De acuerdo con un comunicado emitido en esa fecha por la PGR, despegó del Centro de Readaptación Social (Cereso) número 3, en Matamoros, Tamaulipas, un helicóptero de la dependencia que aterrizó en Brownsville, Texas.
Para esa fecha, su abogado Brian White informó que Arellano Félix podría beneficiarse en un plazo de cuatro meses de la libertad condicional, tomando en cuenta los años que estuvo preso durante el proceso de extradición y el que estuvo en la de San Diego.
Francisco Rafael, de unos 58 años, se encuentra libre en México, donde cumplió la pena que le fijó el juez y por ello para la PGR no existe ningún impedimento legal que le permita gozar de absoluta libertad.